После того как Мадока перестроила вселенную, Хомура живет в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё еще проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются оставшиеся девочки-волшебницы.
Мужчина отправляется по железной дороге в безымянный санаторий, где недавно умер его отец. Оказавшись там, время теряет свою линейность, и он попадает в мир, который кажется одновременно странным и странно знакомым.